Premonstrátský klášter (nyní funguje jako vojenská nemocnice) na levém břehu řeky Svitavy („za brdem“) byl založen kolem roku 1200 panem Lvem z Klobouk a jeho manželkou Rejčkou. První bratři premonstráti přišli roku 1209 ze Strahova a ke klášteru bylo připojeno rozsáhlé panství. Klášterním kostelem se nejdříve stal soukromý Lvův kostel sv. Kunhuty (nyní lékárna u vojenské nemocnice), kde se 15. 5. 1211 zúčastnili konsekrace Přemysl Otakar I. se svými synovci a čtyřletou neteří Alžbětou, kterou vyprovázel do Durynska coby nastávající choť landkraběte Ludvíka. Šlo o budoucí světici Alžbětu Durynskou.
První finanční krize postihla klášter za opata Dětřicha II. v letech 1238 - 43 a následně při stavbě nového konventního chrámu. Roku 1241 vnikli na Moravu Tataři. Brněnské hrady se jim nepodařilo zdolat, tak mezi jinými vyloupili i zábrdovický klášter.
Roku 1257 postihla Brno a nízko položené Zábrdovice také ničivá povodeň, roku 1259 silné zemětřesení a o čtyři roky později velká neúroda a hlad. Za husitského obléhání Brna v květnu roku 1423 lehly popelem některé obce kolem Brna, mimo jiné také nechráněné Zábrdovice i s klášterem. Rozsáhlé majetkové škody utrpěl konvent také roku 1619, kdy byl během povstání zkonfiskován movitý i nemovitý majetek Po Bílé hoře došlo sice k obnově kláštera, ale všechny škody nebyly nahrazeny nikdy.
Kostel trpěl stejně jako klášter při nepřátelských nájezdech na Brno a po odchodu Švédu v r. 1645 z něho zůstalo pusté a prázdné spálenisko. Od roku 1660 byla prováděna demolice starého zábrdovického konventního kostela (údajně zůstaly stát obvodové zdi a pilíře). Za opata Olenia byl 31. srpna 1661 posvěcen základní kámen k novému (nynějšímu) kostelu do kterého byl vložen seznam mnichů. Domníváme se, že současná dispozice kostela přímo navazuje na původní středověkou stavbu. Informace o stavbě kostela byly nalezeny v roce 1868 při otevření báně sanktusníku a opis uložen ve farním archivu. Originál a nové záznamy se vrátily po slavnostním vysvěcení zpět. Jak rozsáhle a do jaké výše zůstalo zachováno původní zdivo, je otázkou. Nedošlo k destrukci celé starší středověké stavební fáze, ale pouze k sanaci nejvíce poškozených partií, zpevnění základů apod. Proti kompletní novostavbě rovněž hovoří fakt, že konvent trpěl pravidelně nedostatkem financí.
Navrhovatelem kostela byl Giovanni Pietro TENCALLA a stavitelem Pavel WEINBERGER. Náklad činil 24 tisíc zlatých. Stavbu přerušil v roce 1663 vpád Tatarů. Po obnovení prací byly v nově zbudované kryptě uloženy ostatky klášterních bratří, přenesené ze hřbitova u kostela sv. Kunhuty. Roku 1666 došlo k zaklenutí chrámu a v následujícím roce k dokončení věží. V červnu 1668 byl dostavěn kůr u věží. Do tohoto roku bylo utraceno celkem 24 000 zlatých. Olomouckým biskupem Karlem z Liechtenštejna byl nový kostel 27. května 1669 posvěcen. Zábrdovická stavba patří zřejmě k nejstarším moravským Tencallovým pracím, snad jde dokonce o jeho první dílo. V roce 1673 byl štafírován a zlacen vysoký oltář a o rok později byly v jeho sousedství postaveny na dvanácti štítech obrazy s mariánskými výjevy z Písma. Roku 1675 Lublinský dokončil dva obrazy pro vysoký oltář, spodní velký obraz Nanebevzetí Panny Marie a horní sv. Trojice. Roku 1676 před svátkem sv. Norberta byla postavena spodní část kostelní kazatelny, horní pak následujícího roku, před svátkem kostelní dedikace. Ani jedno z pláten či jiná součást raně barokního mobiliáře dnes nejsou známy. Podle J. P. Cerroniho, tehdejšího uměleckého historika, visel Lublinského obraz na hlavním oltáři ještě v roce 1784 a pak byl prodán. Staré oltářní obrazy sv. Norberta a sv. Augustina byly přemístěny do farního kostela sv. Kunhuty, dva oltářní obrazy z kaple sv. Josefa, sv. Jáchym a sv. Anna, spolu s dalšími Lublinského obrazy v chóru (6 kusů) byly rozdány posledním prelátem jiným kostelům (Křtiny, Babice nad Svitavou).
Další zprávu o pracích na kostele máme doloženu k roku 1703, kdy opat Engelbert Hájek dal obnovit průčelí zábrdovického kostela a na pravou (severní) věž zřídil hodiny (nákladem 702 zl.). V roce 1710 byl interiér vydlážděn černými a bílými mramorovými pláty až po kapli při choru.
Podle slohových analogií a datace na mříži vstupu víme, že v roce 1755 byla dokončena kaple Panny Marie Čenstochovské. Freskovou výmalbu klenby s námětem Oslava Panny Marie provedl J. J. Etgens, vymalovány byly rovněž stěny kaple. Byl zřízen oltář a na něm umístěna kopie obrazu Čenstochovské Madony, jež byla předtím roku 1753 slavnostně vysvěcena přímo v Čenstochové. Sochy svatého Jáchyma a svaté Anny na oltář vytvořil Antonín Schweigl kolem roku 1750. Nově vzniklé místnosti ve II. nadpodlaží sloužily po zrušení kláštera a zazdění vstupů na oratoře jako obytné, i s kuchyní (jak ukazuje i torzo komínového tělesa na půdě)
Víme, že v roce 1774 nechal opat Matuška nově zbudovat báně věží, zřejmě i upravit hodinové ciferníky. Podle vyobrazení kláštera na jeho portrétu nechal rovněž změnit štít, který je zde znázorněn jako trojúhelníkový. Tato změna je patrná i v krovech lodi. Do téže stavební etapy lze zařadit i osazení tří železných kleštin nad rubem klenby. Takovéto zpevnění svědčí o dlouhodobých statických problémech projevujících se prasklinami ve zdivu a klenbě.
1777: Poslední opat premonstrátského kláštera v Zábrdovicích byl Michal Daniel Marave, který se od počátku svého úřadu snažil o zvelebení jak kostela, tak i jeho okolí. Jeho největší zásluhou byla radikální úprava interiéru kostela — nahrazení raně barokního vybavení úplně novým, včetně fresek. Údajně na základě návrhu Františka Antonína Grimma přistoupil k nové architektonické a malířské výzdobě stěn a ke kompletní výměně veškerého kostelního mobiliáře, v souladu se soudobým výtvarným vkusem. V letech 1781 – 1782 vznikla fresková výmalba kleneb presbytáře a lodi, jejímž autorem je Josef Winterhalder ml. Dva velké centrální obrazy jsou považovány za jeho nejlepší fresky. Sochařskou výzdobu chrámového interiéru včetně hlavního oltáře, kazatelny a kenotafu Lva z Klobouk provedl Ondřej Schweigl.
Roku 1781 objednal opat Marave plátno pro hlavní oltář. Obraz maloval vídeňský malíř Franz Anton Maulbertsch a dokončil ho v roce 1782 (skica obr. P28). Další plátna jsou pracemi Josefa Winterhaldera ml., jenž vytvořil roku 1782 obrazy sv. Anny a sv. Jáchyma na oltáře v bočních kaplích, a Martina Johanna Schmidta, zvaného Kremser Schmidt. Nad hlavním oltářem je velký obraz nanebevzetí P. Marie — jedno z nejlepších děl Františka Antonína MAULBERTSCHE — dokončený až v r. 1786. Všechny oltáře jsou z mramoru z lomů od Nedvědice. Sochařská výzdoba nad oltářem je od brněnského malíře Ondřeje SCHWEIGLA. Veškerá nástropní malba v kostele, jakož i zachovaná fresková výzdoba slavnostního sálu klášterní prelatury je od vynikajícího znojemského malíře Josefa WINTERHALDERA mladšího. Další oltářní obrazy zábrdovického kostela vytvořil významný malíř Martin Johann SCHMIDT z Kremže. Rozsáhlé dílo bylo dokončeno až po zrušení kláštera, které se uskutečnilo 27. července 1784 a jeho majetek spravoval náboženský fond. Farním chrámem byl prohlášen dosavadní klášterní (konventní) chrám P. Marie. Po zrušení kláštera byl kostel sv. Kunhuty odsvěcen a proměněn na skladiště vojenské nemocnice. Věže v nynější podobě byly postaveny v letech 1868 – 1869, hodiny na nich jsou z r. 1933. Úprava kostela uvnitř je převážně dílem podle záměru posledního opata Michala Marave.
K poslední výrazné stavební změně došlo v druhé polovině 19. století, kdy byl opět změněn štít a znovu oplechovány báně. Tímto byl vzhled kostela a jeho vnitřních prostor doveden v podstatě do dnešní podoby. Později byl pouze párkrát doplněn interiér o scházející prvky, jež se harmonicky včlenily do stávajícího barokního zařízení, (v letech 1820 – 1821 byly například zřízeny oltáře svatého Josefa a svaté Barbory s obrazy od Ferdinanda Lichta a sochami přenesenými z šebetovské zámecké kaple, které tvarově odpovídají předešlým) a prováděny stavební práce, mající většinou charakter obnovy a údržby, či restaurování výtvarných a uměleckořemeslných děl. 13. 5. 1894 byla v našem kostele pokřtěna Helena Kafková, budoucí bl. sestra Marie Restituta popravená 30. 3. 1943 nacisty.
Na samostatné stránce je popsána nedávná minulost kostela, farní budovy a poslední velké opravy.